Die seit 1994 von der Akademie eingerichteten über 80 interdisziplinären Arbeitsgruppen sowie Studien- und Initiativgruppen sind einzigartige Arbeitsformen in der deutschen Akademienlandschaft. Ihre Aufgabe ist es, in zeitlich befristeten Projekten Themen von hoher wissenschaftlicher und gesellschaftlicher Bedeutung aufzugreifen, Forschungen zu Zukunftsfragen durchzuführen und den Dialog zwischen Wissenschaft und Gesellschaft mitzugestalten. In allen Vorhaben hat sich eine enge Zusammenarbeit von Akademiemitgliedern, Forscherinnen und Forschern aus unterschiedlichen nationalen und europäischen Einrichtungen sowie dem wissenschaftlichen Nachwuchs aller Ausbildungsstufen entwickelt. Die Arbeitsergebnisse wurden der Öffentlichkeit sowohl im Rahmen von Workshops, fachübergreifenden internationalen Tagungen und Vortragsveranstaltungen vorgestellt und in einer Vielzahl von Monographien und Zeitschriftenpublikationen veröffentlicht.