In dem Akademienvorhaben werden kritische, möglichst den gesamten handschriftlichen Überlieferungsbestand auswertende Ausgaben der griechischen christlichen Schriftsteller, vornehmlich der ersten drei Jahrhunderte sowie der Kirchenhistoriker bis 600 n. Chr erarbeitet. Dazu werden Untersuchungen zu den in den GCS edierten Texten sowie Editionen verwandter Texte in anderen Sprachen, vor allem denen des christlichen Orients, publiziert.
Das Corpus der "Griechischen Christlichen Schriftsteller der ersten drei Jahrhunderte" (so zunächst die zeitliche Eingrenzung im Titel, die nach 1945 fallengelassen wurde = GCS) ist im Jahre 1891 von Adolf von Harnack und Theodor Mommsen gegründet worden. Entsprechend der Maxime Mommsens, dass die Grundlage der historischen Arbeit die Ordnung der Archive der Vergangenheit sei, sollte die Berliner Sammlung die erhaltenen griechischen Schriften christlicher Observanz der ersten drei Jahrhunderte (mit Ausnahme des andernorts bearbeiteten Neuen Testamentes) vollständig und aus dem vierten Jahrhundert die Werke der Kirchenhistoriker nach dem Prinzip der Editio maxima, d. h. unter vollständiger Erfassung der handschriftlichen Überlieferung, kritisch edieren, also jene literarischen Quellen, die von Harnack für die Erforschung der "paläontologischen Schicht" des Christentums in besonderer Weise als notwendig ansah. Dass das Unternehmen darüber hinaus für die gesamte Beschäftigung mit der Spätantike von besonderer Wichtigkeit ist, versteht sich von selbst.
Für die Ausführung des Planes von Harnack, der im Prinzip auch bis heute noch für die Arbeit verbindlich ist, waren zunächst weitestgehend freie Mitarbeiter vorgesehen. An die Seite des Corpus stellte von Harnack die Monographienreihe der "Texte und Untersuchungen zur Geschichte der altchristlichen Literatur" (TU), die er bereits 1882 begründet hatte und die nunmehr als "Archiv für die ... Ausgabe der älteren christlichen Schriftsteller" diente. In ihr werden bis heute vor allem die alten Übersetzungen der im Corpus erscheinenden Schriften teils im Original, teils in deutscher oder einer anderen modernen Sprache gedruckt, also die lateinischen, koptischen, syrischen, armenischen, georgischen und anderen Versionen, die für die Herstellung der griechischen Texte wie die originalsprachigen Überlieferungsträger heranzuziehen sind, diese aber auch ganz ersetzen müssen, wenn die griechische Fassung verloren ist. Daneben steht die Reihe auch für Voruntersuchungen zu den Editionen und für begleitende Abhandlungen offen. Seit den letzten Jahren finden hier u. a. die kommentierten Ausgaben der koptischen Schriften aus dem Fund von Nag Hammadi ihren Platz, die im Laufe der Zeit zu einer Gesamtsammlung aller dieser Texte anwachsen sollen. Was speziell die alten lateinischen Übersetzungen betrifft, so ist im Unterschied zu den orientalischen Texten an eine vollständige Erfassung nach denselben textkritischen Prinzipien, wie sie für die GCS üblich sind, gedacht. Im Jahre 1942 hat der bekannte Patrologe Berthold Altaner dafür ein Arbeitsprogramm vorgelegt (sog. Altaner-Plan), der wie der Harnack-Plan eine der Grundlagen auch für die gegenwärtigen Arbeiten bildet.
Der Optimismus der Gründergeneration, das Corpus schnell fördern zu können, ist durch die politischen Ereignisse der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts mindestens relativiert worden. Vor allem die wirtschaftliche Situation der Jahre nach dem Ersten Weltkrieg verlangsamte die Fortführung beider Reihen. Dass die Vorgänge während des "Dritten Reiches" dem Unternehmen nicht günstig waren, braucht nicht weiter erläutert zu werden. Die Jahre nach 1945 sind durch drei unterschiedliche Entwicklungen gekennzeichnet. Zunächst ist seit 1946 ein zügiger Aufschwung zu beobachten. Das betraf zum einen die Intensivierung der in den dreißiger Jahren nur noch mühsam vorangekommenen Editionsarbeit. Sie ging mit einer Erweiterung des Programms einher, die nunmehr die Öffnung der Reihe auch für Texte der Zeit bis zum 8. Jahrhundert erlaubt, ohne dass für diese Periode, die über den alten Harnack-Plan hinausging, eine corpusmäßige Vollständigkeit angestrebt wurde. Zum anderen konnte im Laufe der Zeit ein guter personeller Ausbau der Arbeitsstelle erreicht werden, die zeitweise mit 8 Mitarbeitern besetzt war.
Die Akademie-Reform von 1968 brachte dann einen jähen Rückschlag und schien das durchaus beabsichtigte Ende des Unternehmens zu bedeuten. Mit Hilfe des Akademie-Verlages und seiner materiellen Unterstützung konnten aber die Reihen auch ohne feste Mitarbeiter in erstaunlicher Regelmäßigkeit bis 1989 bzw. 1990 weitergeführt werden. 1990 wurden sie vom Wissenschaftsrat der Bundesrepublik Deutschland evaluiert. Nachdem sie sodann der wissenschaftlichen Obhut der Konferenz der deutschen Akademien der Wissenschaften unterstellt worden waren, wurden vor allem mit Hilfe des Betreuers Prof. Dr. A. Dihle wieder eine Arbeitsstelle eingerichtet und erste Entscheidungen für die Zukunft getroffen. Seit der Gründung der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften ist das Unternehmen der Kommission für Altertumswissenschaften mit einer speziellen Subkommission und einem speziellen Beirat zugeordnet. Seit 1994 ist die Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften als Trägerin der Einrichtung Mitglied der Patristischen Kommission der deutschen Akademien der Wissenschaften.
Zieht man aus der wechselvollen Entwicklung des Unternehmens eine Bilanz, so ergibt sich heute folgendes Bild:
Mit Ausnahme der Bände, die derzeit vorbereitet werden, und denen, die wie die neutestamentlichen Apokryphen oder das griechische Neue Testament in anderen Arbeitsstellen betreut werden, ist das Programm von Harnack nunmehr abgearbeitet.
Ab 2011 wollen die GCS einerseits ihre Tradition, wissenschaftliche Editionen vorzulegen, fortführen, andererseits einen inhaltlichen Schwerpunkt setzen, und zwar auf die spätantike Bibelauslegung, die sich in verschiedenen, durchaus konkurrierenden Schulen, vor allem der aus Alexandreia und der aus Antiocheia, vollzog.