Der Rat bildet die institutionelle Mitte der Akademie und wird vom Präsidenten geleitet. Im Zentrum seiner Aufgaben steht die wissenschaftliche Arbeit der Akademie. Ihm gehören an: die Mitglieder des Vorstandes, bis zu fünfzehn von der Versammlung auf Vorschlag der Klasse gewählte wissenschaftliche Mitglieder, die Sprecher der interdisziplinären Arbeitsgruppen und Initiativen, bis zu vier aus dem Kreis der für die Betreuung von langfristigen wissenschaftlichen Vorhaben verantwortliche Mitglieder sowie die akademiepolitischen Berichterstatter und die Sprecher/-innen der wissenschaftlichen Mitarbeiter/-innen jeweils mit beratender Stimme.
Der Rat entscheidet über das wissenschaftliche Arbeitsprogramm der Akademie und über wissenschaftliche Grundsatzangelegenheiten. Dazu gehören:
Jutta Allmendinger, Ralph Bock, Michael Borgolte, Harald Budelmann, Eva Cancik-Kirschbaum, Olaf Dössel, Thomas Elsässer, Julia Fischer, Hans-Joachim Freund, Ute Frevert, Detlev Ganten, Thomas Gloning, Annette Grüters-Kieslich, Peter Hegemann, Bernd Hillemeier, Katharina Holzinger, Bernhard Jussen, Wolfgang Knöbl, Martin Korte, Gudrun Krämer, Ulrike Kuhlmann, Reinhard Lipowsky, Max Löhning, Christoph Markschies (Vorsitzender), Christoph Möllers, Wolfgang Neugebauer, Julian Nida-Rümelin, Klaus Petermann, Andreas Radbruch, Tonio Sebastian Richter, Bénédicte Savoy, Uwe Schimank, Dörte Schmidt, Moritz Schularick, Andreas Seidel-Morgenstern, Britta Siegmund, Thomas Sikora, Matthias Steinmetz, Peter Weingart, Michael Zürn
Andreas Seidel-Morgenstern, Christine Windbichler